Pedro Claver fue canonizado en 1888. Poco antes se derribó la casa de los Claver para construir una capilla dedicada al santo. Era la típica capilla de aquellos años. Poco a poco, se fueron añadiendo las casas de alrededor y se hizo una zona de jardín. Para dar más capacidad a la capilla, en 1973 se derribaron el ábside y uno de los muros, para ganar espacio. El altar, una rueda de molino, se situó en el cruce, manteniendo toda la altura que tenía la nave de la primera capilla.
Para visitas al Santuario es necesario concertar la visita llamando al 973 347 101.
También cuenta con un refugio para peregrinos.
